通过对共享基因组序列的创新性分析,发现了未被诊断的长QT综合征病例,这表明存在远距离的“亲缘关系”,可能导致心律失常、昏厥及心源性猝死。
研究成果已在《自然通讯》期刊上发表,验证了范德比尔特大学医学中心研究团队提出的一种新方法的有效性,该方法能够识别尚未被诊断的罕见致病基因变异的携带者。
大多数生物库的参与者来自同一地理区域,个体之间常常存在高度未记录的亲缘关系。这导致了由于共同祖先或“血统相同”片段而共享的基因片段,如下所述。
她表示:“相同的血统片段为我们提供了一个机会,将相关个体聚集在一起,找到共同祖先身上存在的罕见变异。”
为此,研究人员开发了一种基因推断技术DRIVE(用于识别和变异评估的远亲关系)。共同第一作者、遗传医学部的博士后陈鸿欣博士与心血管医学部的临床研究员Megan Lancaster博士共同监督了这项研究。
共同资深作者包括Dan Roden博士、Sam L. Clark博士,以及个性化医学的高级副总裁。
研究人员将重点放在导致5型糖尿病的KCNE1基因的一种罕见变异上,以测试DRIVE的有效性。
一个包括26个机构的国际合作发现了19例与KCNE1突变相关的不同综合征、140名额外的携带者亲属,以及89名可能患有LQT5的先证者(最初参与遗传调查的受影响者)。
在35个KCNE1突变(p.Asp76Asn)中,最常见的先证者中有9个(26%)在VUMC遗传性心律失常诊所接受了检查。目前尚不清楚这些先证者是否存在亲属关系。研究还发现,三名先证者的亲属携带了该变异。
VUMC的DNA生物银行,称为BioVU,连接到去身份化的电子健康记录。
首先,该团队建立了谱系图,并评估了12个临床鉴定的p.a asp76asn携带者的全基因组相关性。他们在这些谱系中发现的八到九级亲缘关系支持了p.a asp76asn变体的本地共同祖先理论(例如,第四代表亲是第一代表亲的曾孙,是九级亲戚)。
随后,在发现跨越KCNE1基因的共享遗传区域后,研究人员对69,819名BioVU参与者应用了DRIVE。通过DNA测序确认p.a asp76asn突变,他们能够识别出22个共享相同位置的BioVU个体。此外,他们还检查了心电图和LQT5的医疗记录。
转诊和非转诊变异携带者与对照组相比,QT间期更长。
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